PSPK UGM telah mampu menciptakan kegiatan-kegiatan yang berbasis pada sumber daya internal sejak awal pendiriannya. Akan tetapi, untuk lebih mengefektifkan peranan serta tanggung jawabnya pada kegiatan-kegiatan tersebut, PSPK UGM telah mampu mengundang serta menciptakan kerja sama inter-institusional dengan beberapa institusi antara lain:
- Pemerintah Pusat: Kementerian Transmigrasi, Kementerian Dalam Negeri, Kementerian Sosial, Kementerian Pertanian, Kementerian Kehutanan, Kementerian Kesehatan, Kementerian Koperasi, Kementerian Agama, Kementerian ESDM, Kementerian Pendidikan Nasional.
- Pemerintah daerah: Daerah Istimewa Yogyakarta, Kalimantan Timur, Kalimantan Tengah, Nusa Tenggara Timur, Nusa Tenggara Barat, Riau, Jawa Tengah, Kabupaten Ngawi, Kulonprogo, Kota Yogyakarta, Jambi dan beberapa pemerintah daerah tingkat provinsi/kabupaten lainnya..
- Institusi pemerintah yang lain: Bulog, Bank Indonesia, Bappenas, BPS, universitas, dan komite nasional JPS.
- Lembaga-lembaga internasional: ILO, APO, UNDP, ROCKEFELLER FOUNDATION, FORD FOUNDATION, USAID, IDRC, TAD, PKAK, SEARCA, KAS, APPEC, THE ASIA FOUNDATION, RIO TINTO FOUNDATION, FADO, BORDA, JICA, JCIE, WORLD BANK. IWMI, ADB, DAN DFID.
- Lembaga-lembaga non-pemerintah: YISS, AEKI, MUI, Yayasan Bina Swadaya, CIDES, NGO FORUM, KIKIS, Yayasan Indonesia Sejahtera (YIS) dan KEHATI.
- Perusahaan-perusahaan nasional dan internasional: Perum Jasa Tirta, PT Indra Karya, Sarana Yogya Ventura, Perum Perhutani, Freeport Indonesia Mining Company, Kelian Equatorial Mining Company, Pt Caltex, Rio Tinto, PLAN, DAN UICO, ASIAN AGRI, EXXON MOBIL LIMITED, YCAP-AIP, dan lain sebagainya.